2077년, 호나자카 마을은 멸망 후 오랜 시간이 지나 재건되었지만, 그 모습을 본 추방된 신은 이를 용납할 수 없었다. 신은 복수의 계획을 세우고, 호나자카 사람들, 특히 주인공과 그의 인연들을 정체 모를 배에 가두고, 그들에게 강력한 폭발물이 다가오고 있다는 사실을 알린다. 그러나 그 폭발물은 배가 아닌, 바로 호나자카 마을을 향하고 있었다.

주인공은 수호신으로서 마을을 지키고 있었지만, 신의 복수는 예상보다 훨씬 치명적이었다. 마을 안에서, 주인공은 폭발물이 마을을 향해 다가오고 있다는 사실을 알게 된다. 그는 자신의 소꿉친구와 사람들과 함께 마을을 빠져나가려 하지만, 신의 의도된 힘이 마을의 구조를 왜곡시키고 탈출을 방해한다.

주인공은 단순히 탈출만을 목표로 삼지 않고, 폭발물을 막을 방법을 찾아야 한다. 시간을 쫓아가며 사람들을 구출하고 탈출을 시도하는 도중, 신의 저항과 마을의 왜곡된 구조는 점점 그들을 절망으로 몰아넣는다. 그러나 주인공은 마지막 순간, 사람들이 안전한 곳으로 대피할 수 있도록 결단을 내린다.

주인공은 신성한 힘을 다해 폭발물을 막기 위한 희생을 결심하고, 마을이 파괴되기 직전에 폭발물을 억제하기 위해 모든 힘을 쏟아낸다. 그의 희생 덕분에 폭발은 막히고, 마을과 사람들은 구원받는다.

하지만 주인공은 세상을 떠난다. 그의 의지와 희생은 사람들에게 큰 영향을 미치고, 시간이 흐른 후 그를 기억하는 이들은 그가 남긴 흔적을 따라 살아간다.

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바람이 불어온다. 그녀의 발밑에서 작은 씨앗들이 흩날리며 하늘로 떠오른다. 민들레 꽃이 흙 속에서 조용히 피어나고 있었다. 그녀는 그것을 바라보며 깊은 생각에 잠긴다. 기억나지 않는 기억들, 그러나 언젠가 반드시 떠오를 이야기. 그녀의 마음속에, 아직 밝혀지지 않은 기억들이 존재한다. 그의 희생 이후에도 여전히 살아 숨 쉬고, 그녀가 돌아갈 때까지 기다리고 있을 것이다. 그렇게, 그녀는 잃어버린 기억들을 향해 나아간다.